Как и любая медицинская инъекционная процедура, плазмотерапия имеет противопоказания. Процедуру могут отложить или не рекомендовать при состояниях, при которых вмешательство небезопасно или нецелесообразно. Перед процедурой необходимо сообщить врачу о хронических заболеваниях, принимаемых препаратах, нарушениях свёртываемости крови, воспалительных и инфекционных процессах и других значимых состояниях. Окончательное решение принимается после консультации.